Der Darm wird von einer einreihigen Schicht Darmzellen (Enterozyten), die an der Basis mit Kittleisten (Tight junctions) untereinander verbunden sind, ausgekleidet.

Auf den Darmzellen liegt eine Schutzschicht aus Schleim, welche eine Art Schutzwall vor Eindringlingen bildet. (Vergleichbar mit dem Säureschutzmantel der Haut oder der Stadtmauer von Luzern). Diese Schleimschutzschicht wird hauptsächlich von zwei Bakterien reguliert: Akkermansia muciniphila und Faecalbakterium prausnitzii. Auf der Schleimschutzschicht leben zusätzlich Milliarden Bakterien, die sehr unterschiedliche Aufgaben haben und zum Teil befreundet oder befeindet sind. Zusätzlich leben dort Viren und Pilze; manchmal auch Amöben.

Einige Bakterien bilden die Polizei (z.B. Bifidusbakterien und Lactobacilillen). Einige Bakterien produzieren Vitamine, andere kurzkettige Fettsäuren von denen sich die Darmzellen ernähren. Manche stärken z.B. die Immunabwehr (E.coli nissle), manche schwächen sie (enteropathogene E.coli).

Der Darm ist ein hochsensibles Ökosystem, welches in beständigem Fliessgleichgewicht lebt. Faktoren wie Stress, Umweltgifte, Emulgatoren, Nahrungszusatzstoffe, Medikamente, Sport, Schlafmangel aber vor allem gemüsearme, zuckerreiche und ballaststoffarme Ernährung bringen den Darm aus seinem Gleichgewicht.  Je nach „Trauma“ verändert sich dann die Zusammensetzung des Darmökosystems.

So vermehren sich z.B. gerne die Fäulnisbakterien unter falscher Ernährung mit vielen gesättigten tierischen Fetten und fehlender pflanzenbasierter Kost.
Nach antibiotischer Therapie fehlt sehr häufig die protektive Schleimschutzschicht und auch die „Polizei“ (Lactobacillen und Bifidusbakterien) ist abwesend. Bei dauerhafter Einnahme von Magensäureblockern kommen Mund- und Hautkeime in den oberen Teil des Dünndarmes, da die Magensäure nicht mehr sauer genug ist um diese abzutöten und führen zu einer Fehlbesiedelung (SIBO).

Wenn vor dem „ Trauma“ (z.B. antibiotische Therapie) nun der Darm ein sehr gutes und intaktes Ökosystem mit hoher Diversität der Keime hatte, kann er sich von alleine erholen. War der Darm allerdings bereits angeschlagen, erholt er sich nach einem „ Trauma“ nur schwer und braucht Monate oder gar Jahre, bis sich sein Ökosystem wieder sortiert hat. Manchmal erholt er sich gar nicht und bleibt dauerhaft angeschlagen.

Ist das Mikrobiom nun nachhaltig gestört, braucht es Unterstützung um wieder ins Gleichgewicht zu kommen. Hier kann man nun mit Prebiotika und Probiotika und passender Ernährungstherapie sowie mit Phytotherapeutika das Mikrobiom unterstützen und aufbauen. Je nach Problem kann dies schnell gehen aber manchmal auch recht lang dauern.